Penelitian ini bertujuan untuk menemukan tindakan perilaku bullying siswa yang terjadi dan menganalisis strategi seperti apa yang telah dilakukan guru Pendidikan Agama Islam dalam menanggulangi perilaku bullying. Kemudian untuk mengetahui pemahaman guru Pendidikan Agama Islam tentang pendidikan karakter dalam menanggulangi perilaku bullying di SMP Muhammadiyah Kasihan Bantul. Jenis penelitian adalah menggunakan studi kasus (case study), melalui pendekatan kualitatif dengan subyek kriteria penelitian yaitu 2 guru Pendidikan Agama Islam dan 3 siswa SMP Muhammadiyah Kasihan Bantul sebagai korban bullying. Data dikumpulkan melalui wawancara, observasi dan dokumentasi. Data dianalisis menggunakan model Miles dan Huberman dengan tahapan reduksi data, model data (data display) dan verifikasi kesimpulan. Hasilnya menunjukkan bahwa (1) Perilaku bullying yang sering terjadi dikategorikan menjadi 3 yaitu bullying fisik, bullying verbal dan pelecehan seksual. (2) Penanggulangan perilaku bullying di SMP Muhammadiyah Kasihan Bantul oleh guru PAI dengan tahapan yaitu a) Melakukan pertemuan dengan siswa terlebih dahulu secara internal. b) Memberikan pembinaan, bimbingan dan pengawasan kepada siswa secara bertahap. c) Melakukan pemanggilan orang tua ketika permasalahan tersebut sudah besar. (3) Program penanggulangan perilaku bullying yaitu a) Melakukan penerapan pendidikan karakter pada setiap pembelajarannya melalui nilai-nilai karakter yang terdapat pada materi pembelajaran. b) Mengkoneksikan dan mengintergrasikan pendidikan karakter dengan kehidupan sehari-hari siswa. c) Memiliki dampak yang cukup berbeda ketika pendidikan karakter diterapkan dalam menanggulangi perilaku bullying walaupun sedikit perbedaannya.