Penelitian ini bertujuan untuk mengungkap bagaimana implementasi manajemen kelas pada kegiatan pembelajaran ISMUBA di MTs Muhammadiyah Kasihan dan apa saja faktor yang mempengaruhi implementasi manajemen kelas pada kegiatan pembelajaran ISMUBA di MTs Muhammadiyah Kasihan. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif deskriptif, data yang diperoleh bukan berupa angka akan tetapi data yang diperoleh langsung dari observasi, wawancara, dan dokumentasi. Analisis data yang digunakan yaitu reduksi data, penyajian data, penarikan kesimpulan, dan triangulasi. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa implementasi manajemen kelas di MTs Muhammadiyah Kasihan sudah sesuai dengan teori mengenai fungsi manajemen kelas. Fungsi perencanaan kelas, fungsi pengorganisasian, fungsi kepemimpinan, dan fungsi pengendalian kelas sudah dijalankan oleh guru ISMUBA di MTs Muhammadiyah Kasihan. Faktor yang mempengaruhi manajemen kelas dapat dirasakan pada kegiatan pembelajaran. Faktor yang paling berpengaruh ialah keadaan lingkungan fisik. Ruang belajar yang membuat peserta didik tidak nyaman dan pengaturan tempat duduk yang tidak sesuai menjadi kendala yang masih belum dapat diselesaikan oleh guru.