Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui bagaimana kinerja universitas tersebut jika diukur dengan menggunakan metode balanced scorecard dan peraturan Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor PER-37/pb/2012. Hasil penelitian dengan menggunakan metode Balanced Scorecard dapat disimpulkan bahwa secara keseluruhan kinerja UIN Sunan Kalijaga sudah dangat baik, hanya saja kinerja pada perspektif pelanggan sebaiknya ditingkatkan.