Penelitian ini bertujuan: 1) untuk memahami dan menganalisis perkembangan kecerdasan spiritual siswa berkebutuhan khusus di SMAN 01 Sewon Yogyakarta, 2) untuk memahami dan menganalisis faktor yang mempengaruhi kecerdasan spiritual terhadap siswa berkebutuhan khusus di SMAN 1 Sewon, dan 3) untuk memahami dan menganalisis penerapan kecerdasan spiritual terhadap siswa berkebutuhan khusus di SMAN 1 Sewon Yogyakarta. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian lapangan (field research). Penelitian ini dilaksanakan di SMAN 01 Sewon Yogyakarta. Subyek penelitian ini adalah satu orang guru Pendidikan Agama Islam (PAI), satu orang guru pendamping khusus dan dua orang siswa berkebutuhan khusus. Tehnik pengumpulan data yang digunakan adalah wawancara, observasi dan dokumentasi. Tahap analisis yang digunakan antara lain pengumpulan data, reduksi data, dan penarikan kesimpulan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa perkembangan kecerdasan spiritual siswa berkebutuhan khusus di SMAN 01 Sewon Yogyakarta sudah cukup baik. Hal ini terjadi karena adanya pembiasaan yang telah diajarkan di jenjang sekolah sebelumnya, serta siswa berkebutuhan khusus menerapkan spiritual yang diajarkan dalam kehidupan sehari-hari dan terjadinya proses pembiasaan yang dalam mengembangkan kecerdasan spiritual siswa berkebutuhan khusus. Terdapat faktor yang mempengaruhi kecerdasan spiritual siswa berkebutuhan khusus di SMAN 01 Sewon Yogyakarta ialah faktor lingkungan sekolah dan faktor lingkungan rumah atau keluarga, dimana kedua faktor ini sangat penting dalam pembentukan dan pengembangan kecerdasan spiritual siswa berkebutuhan khusus. Penerapan kecerdasan spiritual dalam kehidupan sehari-hari sangat baik, Siswa berkebutuhan khusus memiliki kecerdasan spiritual, maka siswa tersebut memiliki ciri-ciri kecerdasan spiritual, yaitu : memiliki tujuan hidup yang jelas, memiliki prinsip hidup, selalu merasakan kehadiran allah, cenderung kepada kebaikan, berjiwa besar, dan memiliki empati.