Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh pembelajaran organisasi, inovasi organisasi, dan kinerja organisasi (implementasi e-learning pada Universitas Muhammadiyah Yogyakarta). Subyek dalam penelitian ini adalah dosen di Universitas Muhammadiyah Yogyakarta dengan menyebarkan kuesioner sebanyak 151 responden. Dalam pengambilan sampel menggunakan teknik non probability sampling dengan jenis purposive sampling. Metode analisis yang digunakan adalah analisis regresi linier sederhana dan menggunakan uji validitas, uji reliabilitas, uji t, koefisien determinasi dan uji analisis jalur (path analysis). Hasil penelitian ini menunjukkan, pertama, ada pengaruh positif dan signifikan secara parsial antara pembelajaran organisasi terhadap inovasi organisasi. Kedua, ada pengaruh positif dan signifikan secara parsial antara pembelajaran organisasi terhadap kinerja organisasi. Ketiga, ada pengaruh positif dan signifikan secara parsial antara inovasi organisasi terhadap kinerja organisasi. Hasil analisis jalur (path analysis) menjelaskan bahwa secara tidak langsung ada pengaruh pembelajaran organisasi terhadap kinerja organisasi melalui inovasi organisasi.